Il CUSI viene costituito a Padova nel 1946, all’indomani del conflitto bellico mondiale, riempiendo lo spazio lasciato vuoto dai disciolti GUF (i Gruppi Universitari Fascisti). L’anno successivo vengono subito organizzati i primi Campionati Nazionali Universitari (CNU) a Bologna, manifestazione ancora esistente; lo stesso anno viene allestita la rappresentativa che parteciperà ai primi Giochi Mondiali Universitari del dopoguerra che si svolgono a Parigi.

Nel 1948 si concretizza l’idea di un’associazione mondiale dello sport universitario e viene fondata, anche su iniziativa dei dirigenti CUSI, la FISU (Féderation Internationale du Sport Universitaire). Ne fanno parte, come soci fondatori, le organizzazioni di Italia, Germania, Lussemburgo e Svizzera.

È dell’anno seguente, e proprio ad opera dell’Italia che sceglie come sede Merano, l’organizzazione della prima “Settimana Internazionale dello Sport Universitario”, alla quale partecipano una ventina di delegazioni da altrettanti Paesi.

Nel 1953 il CUSI ottiene il riconoscimento da parte del CONI potendo partecipare così alla III Settimana Internazionale dello Sport Universitario, a Dortmund.

Nel 1969 è ancora il CUSI a organizzare, a Torino, la prima Universiade estiva, manifestazione che vede per la prima volta gareggiare sugli stessi campi gli atleti universitari provenienti da Paesi appartenenti ai due blocchi nei quali il mondo si è diviso nel dopoguerra; sono presenti in totale 1.500 atleti in rappresentanza di 54 Paesi. In seguito al successo di questa manifestazione l’anno successivo il CIO assegna al CUSI la Coppa Olimpica “Pierre de Coubertin” per i servizi resi alla causa dello sport universitario.

Da allora gli atleti universitari italiani hanno sempre partecipato, per il tramite del CUSI, a tutte le Universiadi, sia invernali che estive, raccogliendo un numero sempre maggiore di successi.

Il Decreto del Presidente della Repubblica n. 770 del 30 aprile 1968 riconosce la personalità giuridica al CUSI.

Nel 1977 il Parlamento promulga la Legge 394, che riconosce la validità sociale dello sport universitario decretandone il potenziamento e istituendo presso goni Ateneo un Comitato ad hoc, di cui il CUSI fa parte.

Nel 1979 il CONI attribuisce formalmente al CUSI la qualifica di “Ente di Promozione Sportiva”.

Nel 2002 viene approvata una modifica dello Statuto, che sancisce il passaggio del CUSI da associazione di persone fisiche a federazione di enti.

Nel 2008 il Ministero del Lavoro e delle Politiche Sociali riconosce il valore sociale delle attività del CUSI, formalizzando l’iscrizione dell’Ente nel Registro nazionale delle Associazioni di Promozione Sociale di cui alla Legge n. 383 del 7 dicembre 2000.

Sul fronte interno, il Centro prosegue nella suo sforzo di fornire a tutti gli studenti universitari italiani l’opportunità di praticare attività sportiva: presso ogni nuova sede universitaria nasce un CUS (al momento se ne contano 49), e dove è possibile questi si attivano per dotare le Università di nuovi impianti sportivi.